污水处理系统仍存在四个方面问题，一是污水处理能力总体不足且分布不均，部分污水处理厂处理标准偏低；二是污水收集系统不完善，雨污分流改造尚未完成；三是各污水系统之间缺少互通，事故风险日益突出；四是PE管城乡发展不均衡，农村污水处理水平较低。相关部门举例说，城东干道龙蟠中路一带，没有设置污水主干管，因此周边生活小区进行雨污分流改造后，污水次管不能汇入主干管，污水收集仍存在问题。还有，主城江心洲、城北、城东、铁北、城南、仙林6座污水处理厂联通不够，污水处理能力不足。
编制两个专项规划，就是要重点解决污水处理系统的四个问题。规划中提出，要全面提升污水处理标准，完成雨污分流改造，各污水处理厂之间实现互联互通、统筹调度，增加农村污水处理设施。
根据专项规划，全市污水处理厂要形成“6714”总体布局，即全市共规划67座污水处理厂，城市污水处理厂形成江南主城环“一环”，江北沿江带、板桥沿江带、龙潭沿江带、秦淮水系带“四带”，全市污水主次干管总长度达到2365公里。虹吸排水管
主城污水处理厂扩容，污水管道全面清疏
据了解，两个专项规划提出了提升污水处理能力的具体措施。
污水处理专项规划提出，主城6个污水处理厂近期将全部启动扩容提标工程，至2020年，6个厂的污水处理能力要从现在的154吨每天提高到201吨每天。城乡生活污水进行统筹改造，形成10个互联互通组团，分别是江心洲—城南—滨江、城北—铁北（新港）—仙林、城东—江宁城北、科学园—开发区—南区、六合城市—大厂—高新北—桥北、珠江—桥林、秦源—秦淮、柘塘—野山、国邦—新区、东阳—龙潭。